細胞核作為atcc細胞的一個功能單位，完整地保存遺傳物質，并指導RNA合成，進而表達出相應的蛋白，在一定程度上細胞核控制著細胞的代謝、生長、分化和繁殖活動。因此細胞核的分離是研究基因表達及細胞核形態結構的重要步驟。不同組織來源的細胞經勻漿后，可用分級離心等方法將細胞核進行分離純化。
 

　　細胞核的分離目前較常采用以蔗糖為介質的差速離心法，可分為細胞核分離和純化兩大步驟。細胞勻漿后，先以0.25mol/L。的蔗糖1000g離心洗滌，然后在0.34mol/L和0.88mol/L的蔗糖梯度中1500g離心15-20分鐘，沉淀即為純化的細胞核。現在細胞核的提取試劑已商業化生產，試劑盒說明書中會提供詳細的操作步驟。細胞核被分離后，可經甲苯胺藍染色在光學顯微鏡下觀察，或直接在電子顯微鏡下觀察核內染色質的分布情況。
 

　　此外，在細胞增殖的研究中，人們常常將Brdu/Edu等底物摻入到增殖的細胞核DNA鏈中，再通過熒光素標記Brdu/Edu，繼而顯色增殖細胞的細胞核。在細胞凋亡研究中，人們常采用TUNEL染色標記凋亡細胞的細胞核。
 

　　由于三維重建等優點，共聚焦顯微鏡在細胞成像技術中的地位逐漸突出。DAPI雖然常用，但是多數共聚焦顯微鏡沒有紫外線波段的激發光，所以其他一系列更適用于共聚焦的核酸熒光染料被開發出來，比如TOTO系列等等。

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